Bộ Giao thông công chính được thành lập theo Tuyên cáo ngày 28/8/1945 của Chính phủ lâm thời nước Việt Nam Dân chủ Cộng hoà [1]. Công tác thuỷ lợi cùng với giao thông, bưu điện thuộc chức năng của Bộ Giao thông Công chính.

Ngày 13 tháng 4 năm 1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh ký Sắc lệnh số 50-SL quy định tổ chức Bộ Giao thông Công chính, trong tổ chức của Bộ có Ty chuyên môn công chính, Ty tố tụng và pháp chế, là những cơ quan có nhiệm vụ liên quan đến việc quản lý và phát triển thuỷ lợi.

Ngày 22 tháng 5 năm 1946 Hồ Chủ Tịch đã ký Sắc lệnh 70-SL thành lập tại Bắc bộ một Uỷ ban Trung ương hộ đê.

Ngày 14 tháng 7 năm 1952, Hội đồng Chính phủ ban hành Nghị định số 117-NĐ về tổ chức Bộ Giao thông Công chính.

Ngày 30 tháng 4 năm 1953, Chủ tịch Hồ Chí Minh ký Sắc lệnh số 156-SL thành lập Nha Công chính tại Bộ Giao thông Công chính có nhiệm vụ phụ trách công tác thuỷ nông, đê điều, vận tải và các công tác công chính khác.

Song song với sự phát triển của ngành Nông nghiệp, Lâm nghiệp, ngành Thuỷ lợi thời kỳ này được Chính phủ rất quan tâm. Ngày 06 tháng 4 năm 1955, Hội đồng Chính phủ ban hành Nghị định số 507-TTg bãi bỏ Nha Công chính và thành lập Nha Thuỷ lợi [3] trực thuộc Bộ Giao thông Công chính để phụ trách các công tác thuỷ nông và đê điều. Ngày 13/4/1955, Bộ trưởng Bộ Giao thông Công chính ra Nghị định số 164-NĐ [4] quy định nhiệm vụ của ngành Thủy lợi với hai nhiệm vụ chính:

Từ ngày 15 đến ngày 20 tháng 9 năm 1955, tại kỳ họp thứ 5 Quốc hội khoá I đã thông qua đề nghị của Chủ tịch Hồ Chí Minh và Quyết định tách Bộ Giao thông Công chính thành 2 Bộ:

Bộ Giao thông và Bưu điện

Bộ Thuỷ lợi [5] và Kiến trúc

Trong cơ cấu tổ chức của Bộ Thuỷ lợi và Kiến trúc có cơ quan chuyên trách về thuỷ lợi là: Cục Công trình thuỷ lợi (gồm cả thuỷ nông, đê điều, xây dựng cơ bản); Cục Thiết kế Thuỷ lợi và các cơ quan quản lý tổng hợp khác.

Tháng 7 Năm 1965, Trường Cao đẳng công chính được tách làm 2 trường Trung cấp Thuỷ lợi – Kiến trúc và Trung cấp Giao thông – Bưu điện.

Miền Bắc bước vào thời kỳ lấy xây dựng làm trọng tâm, công tác thủy lợi đòi hỏi phát triển mạnh, ngày 29/4/1958, tại kỳ họp thứ 8, Ủy ban Thường vụ Quốc hội khóa I ra Nghị quyết tách Bộ Thủy lợi và Kiến trúc thành hai Bộ: Bộ Thủy lợi vàBộ Kiến trúc.

Bộ Thuỷ lợi được giao nhiệm vụ thống nhất quản lý nước trên toàn lãnh thổ các công việc liên quan đến nguồn tài nguyên nước, khai thác mặt lợi và chế ngự mặt hại, bao gồm cả thủy nông, thủy điện, cấp thoát nước cho công nghiệp và thành phố.

Bộ máy tổ chức của Bộ Thủy lợi lúc mới thành lập có: Văn phòng Bộ, Vụ Kế hoạch và Tài chính, Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Kỹ thuật, Cục Thủy nông, Cục Đê điều, Cục Công trình, Cục Khảo sát-Thiết kế, Cục Thủy văn, Cục Đầu tư. Để xúc tiến kế hoạch trị thủy sông Hồng, ngày 28/9/1959, Ban Bí thư Trung ương Đảng ra Chỉ thị số 164-CT/TW, Bộ Thủy lợi đã thành lập phòng sông Hồng trực thuộc Bộ [6].

Cuối năm 1960, sau Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ III, với xu thế phát triển mạnh thuỷ điện, Nhà nước chuyển Tổng cục Điện lực thuộc Bộ Công nghiệp nặng sáp nhập vào Bộ Thuỷ lợi, đổi tên Bộ Thuỷ lợi thành Bộ Thuỷ lợi và Điện lực.

Tháng 7/1961, Hội nghị Ban Chấp hành Trung ương Đảng lần thứ 5 (Khóa III) họp đã đề ra nhiệm vụ của công tác thủy lợi trong kế hoạch 5 năm (1961-1965): “Thủy lợi là biện pháp hàng đầu để phát triển nông nghiệp[7]“. Bộ Thủy lợi và Điện lực đã xây dựng kế hoạch thủy lợi 5 năm lần thứ nhất (1961-1965) gồm những nội dung chủ yếu “Nhiệm vụ thủy lợi đến hết năm 1965 phải đạt là bảo đảm có đủ nước tưới cho 80% diện tích lúa, tưới chủ động cho khoảng 50% diện tích canh tác, đủ nước tưới cho vùng trồng cây công nghiệp tập trung, và mở rộng hơn việc tưới nước cho hoa màu”[8].

Ngày 29/9/1961, Hội đồng Chính phủ ban hành Nghị định số 138-CP quy định nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức bộ máy của Bộ Thủy lợi và Điện lực. “Bộ Thủy lợi và Điện lực là cơ quan của Hội đồng Chính phủ có trách nhiệm quản lý công tác thủy lợi và điện lực theo đường lối, chính sách của Đảng và Nhà nước; bảo đảm hoàn thành tốt nhiệm vụ và kế hoạch: diệt hạn, úng, lụt; cải tạo đất, thực hiện thủy lợi hóa từng bước, tiến tới thuỷ lợi hóa hoàn toàn để phục vụ cho nông nghiệp phát triển toàn diện, mạnh mẽ và vững chắc; xây dựng và phát triển công trình điện lực, sản xuất điện kịp thời đáp ứng nhu cầu của nông nghiệp, nhu cầu của nhân dân; thực hiện điện khí hóa từng bước, tiến tới điện khí hóa toàn bộ để phục vụ các ngành kinh tế quốc dân phát triển, tiến lên chủ nghĩa xã hội”.

Tổ chức bộ máy của Bộ Thủy lợi và Điện lực gồm: Văn phòng; Ban Thanh tra; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Lao động tiền lương; Vụ Kế hoạch; Vụ Tài vụ; Vụ Kỹ thuật; Cục Kiến thiết cơ bản; Cục cung cấp vật tư; Cục Thủy nông, Cục đê điều; Cục Thủy văn; Viện Thiết kế thủy lợi và thủy điện; Học viện Thủy lợi và điện lực; Tổng cục Điện lực (trong Tổng cục Điện lực có Viện Thiết kế nhiệt điện); Các đơn vị sự nghiệp, xí nghiệp do Bộ quản lý.

Thời kỳ này và về sau, các trường chuyên nghiệp và Viện nghiên cứu thủy lợi dần dần được thành lập. Hệ thống đào tạo đã có: Trường Trung cấp Thủy lợi (1956), Học viện Thủy lợi-Điện lực (tháng 11/1959), Đại học Thủy lợi (1963), 4 trường Trung học kỹ thuật, 3 trường Công nhân kỹ thuật và 10 trường Trung cấp nghiệp vụ, Viện Nghiên cứu khoa học Thủy lợi, Viện Khảo sát Thiết kế.

Ngày 28 tháng 12 năm 1962, Hội đồng Chính phủ ra Quyết định số 216-CP tách Tổng cục Điện lực ra khỏi Bộ Thuỷ lợi và Điện lực để chuyển sang trực thuộc Bộ Công nghiệp nặng, đổi tên Bộ Thuỷ lợi và Điện lực thành Bộ Thuỷ lợi.

Ngày 09 tháng 5 năm 1963, Bộ Thuỷ lợi ra Quyết định số 296-TL/QĐ tách Học viện Thuỷ lợi thành 2 đơn vị: Trường Đại học và Trung cấp Thuỷ lợi, và Viện nghiên cứu khoa học Thuỷ lợi. Ngày 28 tháng 4 năm 1964 Bộ Thuỷ lợi ban hành Quyết định số 351-TL/QĐ tách Trường Đại học và Trung cấp thuỷ lợi thành 2 trường Đại học Thuỷ lợi và Trung cấp thuỷ lợi (nay là Trường Trung học Thuỷ lợi I). Ngày 12 tháng 12 năm 1964, Hội đồng Chính phủ ra Quyết định số 38 thành lập Cục Thi công [9] trực thuộc Bộ Thuỷ lợi.

Cuối năm 1963, Bộ Thuỷ lợi tập trung vào những nhiệm vụ lớn là phục vụ nông nghiệp và đê điều phòng chống lụt bão, Bộ Thuỷ lợi được giao nhiệm vụ thường trực Uỷ ban trị thuỷ và khai thác sông Hồng. Phòng sông Hồng được tổ chức thành Văn phòng Uỷ ban trực thuộc Bộ [10].

Thời kỳ 1966 – 1967, Bộ Thuỷ lợi đã thành lập Vụ Thuỷ lợi miền núi. Tiếp đó, ngày 16 tháng 6 năm 1972, Hội đồng Chính phủ ra Nghị quyết số 118-CP về hoàn chỉnh thuỷ nông và ban hành Nghị quyết số 120-CP “chuyển công tác thuỷ nông, Cục Thuỷ nông và các bộ phận chuyên trách thuỷ nông trực thuộc Bộ Thuỷ lợi” về Uỷ ban Nông nghiệp Trung ương. Sau 16 tháng hoạt động (6/ 1972 – 10/ 1973) do các nguyên nhân khác nhau dẫn đến công tác Thuỷ nông còn nhiều vương mắc và phân tán, ngày 1 tháng 10 năm 1973, Chính phủ ra Quyết định số 165-CP quyết định “chuyển giao nhiệm vụ hoàn chỉnh thuỷ nông cho Bộ Thuỷ lợi phụ trách, Cục Thuỷ nông trực thuộc Uỷ ban Nông nghiệp Trung ương được chuyển giao trở lại Bộ Thuỷ lợi”. Thời điểm này, năm 1971, Bộ Thuỷ lợi thành lập một tổ chức đặc trách theo rõi công tác thuỷ lợi miền Nam (Ban B). Ban B có nhiệm vụ tham mưu cho Bộ về điều động cán bộ đi “B” thu thập các tài liệu thuỷ lợi miền Nam, đề xuất nghiên cứu chuyên đề để chuẩn bị cho công cuộc thuỷ lợi tái thiết miền Nam khi đất nước thống nhất.

Đối với ngành Thuỷ lợi sau năm 1975, Tổng Cục Thủy lợi miền Nam được thành lập. Các đơn vị sự nghiệp của Bộ Thủy lợi thời kỳ này có Phân viện khảo sát quy hoạch Thuỷ lợi miền Nam; Phân viện nghiên cứu khoa học thuỷ lợi Nam Bộ; tháng 9 năm 1975, ngoài 4 đoàn quy hoạch thuỷ lợi được điều động vào 4 vùng phía Nam, Bộ Thuỷ lợi còn thành lập 2 đoàn khảo sát, thiết kế thuỷ lợi: Nam Bộ và Trung Trung Bộ, Nam Bộ và Đoàn khảo sát Thuỷ lợi với Viện Thiết kế Thuỷ lợi – Điện lực thành Viện Khảo sát thiết kế Thuỷ lợi. Các trường đào tạo cán bộ, công nhân thuỷ lợi gồm: Trung học thuỷ lợi II (Đà Nẵng); Trung học Nghiệp vụ II (Đà Nẵng), Trung học Thuỷ lợi III (Tiền Giang); Trung học thuỷ lợi Tây Nguyên (Đắc Lắc); Công nhân Cơ giới II (Quảng Ngãi); Công nhân khảo sát II (Bình Định); Công nhân Cơ giới III (Tiền Giang). Ngày 14/10/1976, Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập Tổng cục Khí tượng – Thuỷ văn trực thuộc Hội đồng Chính phủ trên cơ sở hợp nhất Nha Khí tượng và Cục Thuỷ văn. Vì vậy, công tác thuỷ văn và Cục Thuỷ văn được chuyển giao từ Bộ Thủy lợi sang Tổng cục khí tượng – Thuỷ văn.

Ngày 06/3/1979, Hội đồng Chính phủ ban hành Nghị định số 88-CP quy định về tổ chức và hoạt động của Bộ Thuỷ lợi.“Bộ Thuỷ lợi là cơ quan của Hội đồng Chính phủ chịu trách nhiệm thống nhất quản lý Nhà nước toàn ngành thuỷ lợi trong phạm vi cả nước theo đường lối chính sách của Đảng và luật pháp của Nhà nước về các mặt:

1. Các cơ quan chức năng quản lý Nhà nước: Vụ Kế hoạch và thống kê; Vụ quản lý khoa hoc – kỹ thuật; Vụ Cơ giới – cơ khí; Vụ Kế toán – tài vụ; Vụ Lao động – tiền lương; Vụ Tổ chức – cán bộ; Vụ Quản lý xây dựng cơ bản; Vụ Quản lý và khai thác công trình thủy nông; Vụ phòng chống lũ lụt và quản lý đê điều; Ban Thanh tra; Văn phòng Bộ; Hội đồng trọng tài kinh tế.

Đến năm 1984, Ban Hợp tác quốc tế được Thành lập theo quyết định của Bộ Thuỷ lợi trên cơ sở hợp nhất Ban C, Ban K, Văn phòng Uỷ ban sông Mê Kông [11] và Phòng đối ngoại thuộc Văn phòng. Năm 1988, chuyển Ban Hợp tác quốc tế thành Vụ Hợp tác quốc tế.

2. Các cơ quan sự nghiệp: Viện nghiên cứu khoa học thuỷ lợi; Viện kinh tế thuỷ lợi; Viện Quy hoạch và quản lý nước; Viện khảo sát và thiết kế thuỷ lợi; Trường đại học thuỷ lợi; Trường cao đẳng thủy lợi; các Trường Trung học kỹ thuật, Trung học nghiệp vụ và Trường công nhân thuộc diện quản lý của Bộ [12].

3. Các tổ chức sản xuất, kinh doanh trực thuộc Bộ, gồm liên hiệp các xí nghiệp, xí nghiệp liên hợp xây dựng ở các khu vực và các xí nghiệp độc lập, trước mắt gồm: Liên hiệp các xí nghiệp cơ khí thuỷ lợi; xí nghiệp liên hợp xây dựng thuỷ lợi khu vực I (Bắc Bộ), khu vực II (bắc Trung bộ), khu vực III (trung Trung bộ và Tây nguyên), khu vực IV (Nam bộ)[13].

Ngày 11/7/1994, Chính phủ ban hành Nghị định số 63-CP về nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Bộ Thủy lợi thay thế Nghị định số 88-CP ngày 06/3/1979. Nghị định 63-CP xác định “Bộ Thủy lợi là cơ quan của Chính phủ thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về tài nguyên nước (trừ nước nguyên liệu khoáng và nước địa nhiệt); về quản lý khai thác công trình thủy lợi và công tác phòng chống lụt bão, bảo vệ đê điều trong cả nước”.

1. Tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý Nhà nước, gồm: Vụ Kế hoạch; Vụ Khoa học-kỹ thuật; Vụ Tài chính-Kế toán và Thống kê; Vụ Tổ chức-Cán bộ; Thanh tra; Vụ Hợp tác Quốc tế; Vụ Quản lý xây dựng công trình thủy lợi; Văn phòng Bộ; Cục Quản lý nước và khai thác công trình thủy lợi; Cục Phòng, chống lụt bão và quản lý đê điều.

2. Các tổ chức sự nghiệp: Viện Quy hoạch thuỷ lợi: Viện nghiên cứu khoa học và kinh tế thủy lợi; Viện Nghiên cứu khoa học thủy lợi Nam Bộ (thành lập trên cơ sở Phân viện Khoa học thủy lợi Nam Bộ); Trường Đại học Thủy lợi; Trường Bồi dưỡng cán bộ quản lý; Trung tâm Thông tin thủy lợi (kể cả tạp chí thủy lợi). Các đơn vị sự nghiệp khác do Bộ trưởng Bộ Thủy lợi cùng Bộ trưởng, Trưởng ban Ban Tổ chức-Cán bộ Chính phủ và các Bộ có liên quan nghiên cứu, sắp xếp và quyết định.

Kế thừa và phát huy thành tựu 10 năm đổi mới tổ chức các cơ quan hành chính Nhà nước, Chính phủ đã có định hướng thu gọn các Bộ quản lý ngành hiện có theo chiều hướng chuyển từ Bộ quản lý đơn ngành sang mô hình Bộ quản lý nhà nước nhiều ngành, nhiều lĩnh vực có chức năng gần giống nhau, giảm bớt sự chồng chéo, chia cắt giữa các Bộ; để nâng cao hiệu lực quản lý Nhà nước trong các lĩnh vực Nông nghiệp, Lâm nghiệp, Thuỷ lợi và phát triển nông thôn.

 Từ ngày 03/10 – 28/10/1995, tại kỳ họp thứ 8 của Quốc hội khoá IX thông qua Nghị quyết về việc thành lập Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trên cơ sở hợp nhất 3 Bộ: Bộ Lâm nghiệp, Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm và Bộ Thuỷ lợi.

Nhiệm vụ chính trị của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn được đặt ra không chỉ là nhiệm vụ của các ngành trước đây về sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp và thuỷ lợi một cách riêng rẽ mà còn là sự đòi hỏi cao hơn về việc phát triển ngành nông nghiệp và nông thôn một cách bền vững, bảo vệ các nguồn tài nguyên thiên nhiên đất – nước rừng, gắn chặt hơn nữa sự phát triển nông nghiệp, lâm nghiệp và thuỷ lợi với việc phát triển nông thôn với đối tượng phục vụ chủ yếu hơn 60 triệu dân sống ở nông thôn, chiếm gần 78 phần trăm dân số cả nước.

Ngày 01/11/1995, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 73-CP về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Nghị định 73/CP quy định vị trí, chức năng của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn: “Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan của Chính phủ thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy lợi và phát triển nông thôn”.

1. Các cơ quan giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý Nhà nước: Vụ Kế hoạch và quy hoạch; Vụ Đầu tư xây dựng cơ bản; Vụ Khoa học công nghệ và chất lượng sản phẩm; Vụ Chính sách nông nghiệp và phát triển nông thôn; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Tài chính-Kế toán; Vụ Tổ chức-Cán bộ.

2. Các Cục quản lý Nhà nước chuyên ngành: Cục Phát triển Lâm nghiệp; Cục Kiểm lâm; Cục bảo vệ thực vật; Cục Thú y ; Cục Khuyến nông và khuyến lâm; Cục Quản lý nước và Công trình thủy lợi, Cục đê điều và phòng chống lụt bão (kiêm Văn phòng ban chỉ đạo chống lụt bão Trung ương; Cục chế biến nông lâm sản và ngành nghề nông thôn; Cục định canh định cư và Vùng kinh tế mới.

3. Thanh Tra.

4. Văn phòng.

1. Các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý Nhà nước: Vụ Kế hoạch; Vụ Tài chính; Vụ Khoa học công nghệ; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Pháp chế; Vụ Tổ chức cán bộ;

2. Các Cục quản lý Nhà nước chuyên ngành: Cục Nông nghiệp; Cục Bảo vệ thực vật; Cục Thú y; Cục Chế biến nông lâm sản và nghề muối; Cục Lâm nghiệp; Cục Kiểm lâm; Cục Thuỷ lợi; Cục Quản lý đê điều và phòng, chống lụt, bão; Cục Quản lý xây dựng công trình; Cục Hợp tác xã và Phát triển nông thôn;

3. Thanh Tra

4. Văn phòng

Nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn theo Nghị định 01/2008/NĐ-CP  ngày 03/01/2008

1. Các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý Nhà nước: Vụ Kế hoạch; Vụ Tài chính; Vụ Khoa học công nghệ; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Pháp chế; Vụ Tổ chức cán bộ;

2. Các Cục quản lý Nhà nước chuyên ngành: Cục Trồng trọt; Cục Bảo vệ thực vật; Cục Chăn nuôi; Cục Thú y; Cục Chế biến nông lâm sản và nghề muối; Cục Lâm nghiệp; Cục Kiểm lâm; Cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản; Cục Nuôi trồng thuỷ sản; Cục Thuỷ lợi; Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống lụt, bão; Cục Quản lý xây dựng công trình; Cục Kinh tế Hợp tác xã và Phát triển nông thôn; Cục Quản lý chất lượng nông lâm thuỷ sản;

3. Thanh Tra;

4. Văn phòng;